« Fenêtre pop-up » ou « pop-up » ne sont pas des termes recommandés par l’Office québécois de la langue française. C’est plutôt « fenêtre surgissante » qui est proposé pour désigner une « Fenêtre secondaire s’ouvrant soudainement à l’avant ou à l’arrière de la fenêtre principale. » « Fenêtre contextuelle » est également admis, et Wikipédia, pour sa part, mentionne les termes « fenêtre intruse » et « fenêtre publicitaire ».
Office québécois de la langue française | Rubrique « Fenêtre surgissante »
Wikipédia | Rubrique « Pop-up »